По данным независимой лабораторной экспертизы, проведённой по инициативе жителей Долгопрудного, в Клязьминском водохранилище зафиксировано критическое превышение допустимых норм загрязнения. Содержание нефтепродуктов в пробах превышает норму в 500 раз и сопровождается резким бензиновым запахом, мутность воды превышает 40 ЕМФ, а концентрация взвешенных веществ достигла 280 мг/дм³. Источником загрязнения, по мнению экологов, стала перегрузка строительных материалов на берегу акватории в районе микрорайона Павельцево, где ведётся строительство промышленного объекта.
Особую тревогу вызывает бактериологическая опасность: содержание обобщённых колиформных бактерий превышает норму почти в 4 000 раз, а вирусных колифагов — в 8 раз. Биохимическое потребление кислорода (БПК₅) достигло 154 мг на дм³, что превышает норму для чистого водоёма в 40–75 раз. Такие показатели могут стать причиной массовой гибели рыбы и других обитателей водоёма вследствие острой гипоксии, а также создают прямую угрозу для питьевого водоснабжения Москвы и близлежащих городов.
